cronologia 1541 Si procede ad una revisione degli estimi in tutto il territorio pisano per riordinare l’amministrazione. Vengono concessi sgravi fiscali anche per chi vuole rientrare in città ed anche a Cristiani ed ebrei cacciati dal Portogallo

1543 Cosimo rifonda lo Studio Pisano a cui da un notevole impulso

1547 Viene istituito l’Ufficio fiumi e fossi con l’intento di regolamentare l’idrologia a rischio del piano di Pisa

1548 Eleonora di Toledo, moglie di Cosimo costituisce la tenuta di San Rossore, acquistando terreni al fine di creare "sul mare bellissimo una tenuta ricca di pesca e di caccia chiusa d’ogni lato da confini naturali, l’Arno a sud e il Serchio a nord
1468 Date le continue rivolte antifiorentine all’interno di Pisa, i fiorentini costruiscono fortificazioni ai due capi della città non per proteggersi dai nemici esterni ma dai pisani stessi

1472 Lorenzo il Magnifico ristruttura lo Studio pisano dotandolo di una sede, la Sapienza, ai fini di creare un ceto dirigente filo-fiorentino

1475 Viene fondata l"Opera della reparazione del chontado e della città di Pisa", l’attuale "Ufficio dei fiumi e fossi", con il compito di avere cura dei canali, fossi, ponti e strade del territorio pisano

 1509 Termina l’assedio con la caduta di Pisa, ridotta oramai allo stremo. I Fiorentini riprendono definitivamente possesso della città.

1511 Il Re di Francia Luigi XII convoca a Pisa un concilio ecumenico nel tentativo, peraltro fallito, di esautorare il Papa Giulio II avverso ai francesi e alla Repubblica di Firenze

1512 A Firenze viene restaurata la Signoria dei Medici con l’appoggio del Papa Giulio II
1569 Il Papa Pio V concede il titolo di Granducato alla Toscana

1571 Battaglia di Lepanto, una flotta della Lega Santa sconfigge la flotta Turca. Dodici galere Stefaniane partecipano allo scontro

1574 Muore Cosimo I dei Medici
1407 Inizia il declino della città, molte famiglie nobili fuggono da Pisa verso Napoli e Palermo, altre vengono bandite dai fiorentini. Il territorio non più curato, intanto, si va degradando, l’aria diventa insalubre proseguendo e accelerando un fenomeno già riscontrato nel corso del Trecento
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Si accentua la situazione di degrado della città ed il dissesto del suo territorio.
La popolazione pisana mal sopporta i nuovi padroni fiorentini.		 1494 Carlo VIII, re di Francia, scende in Italia chiamato da Ludovico Maria Sforza, detto il Moro, suo obbiettivo strappare il Regno di Napoli alla corona Aragonese. Piero II dei Medici fa atto di sottomissione al re provocando una rivolta a Firenze dove si instaura una Repubblica. Anche Pisa si ribella e chiede al re un riconoscimento della sua libertà che, in apparenza, questi concede. Poco dopo, però, rivende la città ai fioretini che muovono per conquistarla nuovamente.

1495 Inizia una lunga e sfibrante guerra con Firenze che vede protagonista Niccolò Machiavelli investito di questa responsabilità dalla neonata Repubblica fiorentina. Fu chiamato persino Leonardo da Vinci che studiò un grandioso progetto di deviazione dell’Arno per lasciare a secco Pisa, progetto che naufragò miseramente nonostante l’impiego di 8.000 uomini

 1527 Approfittando della discesa in Italia dei Lanzichenecchi inviati dall’imperatore Carlo V, i fiorentini cacciano nuovamente i Medici e instaurano la seconda Repubblica. Anche Pisa cerca di approfittarne per riconquistare la libertà ma il tentativo fallisce.

1530 Con la pace di Cambrai fra Carlo V e la Francia i Medici tornano, dopo un assedio, in Firenze instaurando un vero e proprio Principato che durerà fino al Settecento

1537 Cosimo assume la guida del Ducato e sotto il suo governo si registrano importanti interventi per Pisa a cui egli rivolse una attenzione particolare

1561 Cosimo fonda l’Ordine dei Cavalieri di Santo Stefano allo scopo di proteggere i traffici marittimi dalle insidie dei Turchi. Sceglie come sede Pisa.

1562 Su progetto di Giorgio Vasari si da il via alla costruzione di una adeguata sede per i Cavalieri di S. Stefano nell’area della antica Piazza delle Sette Vie che diverrà Piazza dei Cavalieri

1564 Cosimo si ritira ufficialmente dal governo affidandolo al figlio Francesco, ma continua ad occuparsi della politica dell’Ordine e delle faccende di Pisa in cui risiede quasi stabilmente