1587/1609 Governo di Ferdinando I dei Medici sotto di cui si avrà nuovo impulso nel riordinamento urbanistico, culturale e amministrativo di Pisa. Nei successivi governi medicei anche se si continua a sostenere lo Studio Pisano si avrà un progressivo calo di interesse per Pisa, ormai sostituita come sbocco al mare da Livorno. E’ del 1593 la "legge livornina" che fece del porto di Livorno un luogo d’asilo per i perseguitati di ogni tipo: ugonotti, ebrei ma anche prostitute e galeotti, affermandone l’importanza come principale porto di Toscana

1688 Viene ripristinata la Luminaria di S. Ranieri, tradizione di cui si hanno notizie dal XIV secolo

1621/1670 Governo di Ferdinando II dei Medici

1564/1587 Governo di Francesco I dei Medici

1609 /1621 Governo di Cosimo II dei Medici

1670/1723 Governo di Cosimo III dei Medici

1723/1737 Governo di Gian Gastone dei Medici. Con lui si estingue ingloriosamente la casata dei Medici e il Granducato di Toscana entra in un gioco di scambi europeo che alla fine lo vedrà assegnato ai Lorena